再后来，曹操当上丞相后，又让人来请司马懿，由于主人的身份变了，来人的态度很傲慢，当司马懿想再次拒绝时，便冷冷地说道：“丞相有一句话‘宁可我负天下人，不可让天下人负我’，如果你是聪明人，应该懂得其中的意思，如果不懂，那是丞相看错了人，就此告别！”
听了曹操的这句话，想起来人的态度，司马懿出了一身冷汗，只得听从征召，做了文学掾。
既来之，则安之，司马懿勤于职守，用心为曹操做事。
很多人对曹操的篡汉之心，耿耿于怀，而见微知著的司马懿，知道汉朝的权力，业已掌握在曹操手中，汉室不过是摆设而已，便多次在私下里，力劝曹操称帝。
这样做，其实是因曹操多疑，即便不称帝，司马懿也向这个掌握天下大权的丞相，表明了自己的忠心。
见司马懿识大体，在大是大非的问题上，始终是忠于自己，曹操开始放心了，让司马懿教授世子曹丕。
俗话说虎父无犬子，曹操最为赏识的儿子，当然是那个想出办法称象的曹冲，可惜天妒其才，曹冲十三岁便夭折了。
这样一来，在曹操的其他几个儿子中，曹丕和曹植无疑最出类拔萃的，曹植在文学方面的素养，不仅超过世子曹丕，也胜出父亲一筹，从而深得曹操喜欢，更得到了一些文人的支持，其中最有名的便是杨修。
才思敏捷，文采风流的曹植，身上却有很多文人特有的毛病，就是恃才任性，加上没有心机，经常喝酒误事，才使曹操慢慢疏远了他。
而曹丕呢，文学方面也有相当的素养，只是被弟弟曹植掩翳了光华而已，但他文武兼修，为人沉稳厚重，低调内敛，这样的人才可堪大任，后来顺理成章当上了世子。
其实，在曹丕当上世子前，曹植因才气逼人，一度被大家看作是最可能的接班人，连曹操本人，因喜欢文学，从而爱屋及乌，早期也看好曹植。
当司马防与八个儿子探讨这个问题时，七个儿子都像普通人一样，看好当时风头正劲的曹植，司马懿则完全相反，且语出惊人：“曹植饮酒不节，意气用事，如果让他当接班人，随时都可能将父亲的功业倾覆，丞相英雄一世，阅人既多，辛辛苦苦打拼而来的事业，怎么可能交给一个书生意气的儿子！”
他的七个兄弟，都坚持已见，连父亲也怀疑司马懿的看法。
到后来，曹植屡次因酒误事，曹操只得确定曹丕为世子，司马防不得不佩服二儿子的眼光毒辣。
当然，司马懿作为老师，在支持曹丕当世子的过程中，也作了不少努力。但他很清楚，这是别人的家事，何况曹操多疑，稍有不慎便会招来杀身之祸，因而一直做得很隐晦。
而这个时候，曹植阵营中的聪明人杨修，为人锋芒毕露，并大张旗鼓地支持曹植。当曹丕成为世子后，曹操对自以为是，又干涉自己家事，一直为曹植出谋划策的杨修深恶痛绝，后来终于找到一个机会，便以“鸡肋言论”扰乱军心为借口，将其杀了。
由此看来，司马懿是有先见之明的。
曹丕如愿当上世子，机心很重的司马懿，行事更加小心谋慎，最后还是被曹操这只老狐狸看出来了。
在曹操看来，司马懿满腹韬略，却忍辱负重，深韬养晦，于是担心后人不是对手，控制不了这个阴有二心的奸滑之徒。
可是，司马懿是世子曹丕的心腹之臣，又没有把柄，曹操即便有想法，也只好暂且忍了。