汉武帝住在建章宫，看到一个男子带剑进入中龙华门，怀疑是不寻常的人，便命人捕捉。
该男子弃剑逃跑，侍卫们追赶，未能擒获。汉武帝大怒，将掌管宫门出入的门候处死。
冬十一月，汉武帝征调三辅地区的骑兵对上林苑进行大搜查，并下令关闭长安城门进行搜索，十一天后解除戒严。
巫蛊事件开始出现。
公孙敬声与阳石公主私通以及行巫蛊诅咒天子之事传的沸沸扬扬，抓捕丞相公孙贺，并冠以公孙贺兴利弟子宾客不顾黎民死活等多条罪名，参与汉匈战争有功的公孙贺父子竟然冤死狱中，满门抄斩。
阳石公主、诸邑公主，卫青之子长平侯卫伉相继被牵连入内，被杀。
这时，方士和各类神巫多聚集在京师长安，大都是以左道旁门的奇幻邪术迷惑众人，无所不为，后宫妃嫔、宫女以及受牵连的大臣共杀了数百人。
于是武帝命江充为使者治巫蛊之案。
江充指挥巫师四处掘地寻找木偶人，但凡挖到就逮捕周围的人，并以炮烙之酷刑逼供认罪。
百姓惶恐之余相互诬告，以此罪冤死者前后共计数万人。
汉武帝年迈，愈加相信巫蛊之事。江充趁机说宫中有巫蛊之气以致天子之病久不见好。于是开始查办后宫中不受宠幸的夫人，随后又查到皇后卫子夫的椒房殿。将整个禁中的御座毁地面掘开以后，仍一无所获。
汉武帝产生疑心以后，有一次，在白天小睡，梦见有好几千木头人手持棍棒想要袭击他，霍然惊醒，从此感到身体不舒服，精神恍惚，记忆力大减。
江充自以为与太子刘据、卫皇后有嫌隙，见汉武帝年纪已老，害怕汉武帝去世后被刘据诛杀，便定下奸谋，说汉武帝的病是因为有巫术蛊作祟造成的。
江充终是将铁楸挖到了太子东宫，在按道侯韩说、御史章赣、黄门苏文的帮助下，得到了桐木人偶。
刘据在决定起兵后派舍人持节连夜入长秋门报卫皇后。卫子夫同意刘据调用皇后的中厩车架，取武库兵器，调长乐宫卫队，并以奸臣造反的名义征兵，与江充等人在长安城中展开激战，终于杀死了江充，并于上林苑烧死胡巫师。
刘据起兵后，武帝认为太子一定是受到了江充等人的陷害才这样做。便派遣使者入长安探查。
使者却因胆怯未敢入城，对武帝谎称太子造反要杀自己。武帝由是大怒，派左丞相刘屈氂发兵讨逆。
刘据来到北军军营南门之外，站在车上，将护北军使者任安召出，颁与符节，命令任安发兵。
但任安拜受符节后，却返回营中，闭门不出。
刘据带人离去，将长安四市的市民约数万人强行武装起来，到长乐宫西门外，正遇到丞相刘屈氂率领的军队，双方会战五天，死亡数万人，鲜血像水一样留入街边的水沟。
民间都说“太子谋反”，所以人们不依附太子，而丞相一边的兵力却不断加强。
刘据见刘屈氂的兵卒越来越多，亦开长安官狱放囚徒以充军。并派使者持符节去调动长安附近长水和宣曲两地的胡人骑兵，命令他们全副武装之后前来会师。
?因此，太子刘据所率兵卒与丞相的兵卒数量差距越来越大。混战五日后，血流入渠，尸骸遍地，太子不敌，战败出奔。
同日，武帝诏遣宗正刘长乐、执金吾刘敢奉策收回用以帮助刘据起兵、象征皇后实权的皇后玺绶。卫皇后因无以解释自己的行为，以死明志，自杀身亡。
黄门苏文、姚定汉置之公车令空舍，盛以小棺，将卫皇后葬在长安城南桐柏亭。
刘据的众门客，因曾经出入宫门，所以一律处死；凡是跟随刘据发兵谋反的，一律按谋反罪灭族；各级官吏和兵卒凡非出于本心，而被刘据挟迫的，一律放逐到敦煌郡。
因刘据逃亡在外，所以开始在长安各城门设置屯守军队。
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在听说卫子夫几天前，见过无垢，就立刻让人抓无垢，可是冠军公主府时候，一个人也没有，留下一封信。
汉武帝愤怒异常，唯有壶关三老令孤茂敢上书汉武帝为刘据申冤，当看道冠军公主玉无垢的信以后，汉武帝冷静下知道自己错了，而刘据知道自己难以逃脱，自缢而死；刘据有三子一女，全部因巫蛊之乱而遇害，刘据之子、史皇孙刘进有一子刘病已幸存，尚在襁褓中，后改名刘询，为汉宣帝。
官吏和百姓以巫蛊害人罪相互告发的，经过调查发现多为有不实。
汉武帝怜惜刘据无辜遭害，便特修一座思子宫，又在湖县建了一座归来望思之台，天下人听说这件事后，都很悲伤。
巫蛊之祸，岂不哀哉！此不唯一江充之辜，亦有天时，非人力所致焉。
巫蛊之祸后汉武帝以前任命的丞相有窦婴、许昌、田蚡、庄青翟、石庆、公孙贺、刘屈犛、田千秋几人死的没有几个，太尉之位的田蚡、卫青、霍去病、霍光四人就剩下霍光。
御史大夫的庄青翟、韩安国、公孙弘、张汤、石庆、卜式、儿宽、杜周、桑弘羊也就剩下几个。
王臧、孔臧、韩延年、李广、李敢、韩安国、张骞、路博得、灌夫、公孙敬声、张汤、赵禹、郭居、王恢、李息、田千秋、韩安国、郑当时、刘受、颜异、王温舒、尹齐、汲黯、朱买臣、江充、石庆、公孙弘、汲黯、儿宽、减宣、东方朔、主父偃、司马迁、苏武、周亚夫、董仲舒、司马相如等重臣已经相继死去，汉武帝一手建立了强大的大汉王朝也一手毁灭掉了大汉。