洪武元年，朱元章于应天府登基，册立马氏为皇后。贵为皇后的马氏，依然生活节俭朴素，每天亲自操办朱元章的膳食，体恤朱元章的辛苦，为他打理好后宫的一切。
马皇后从不争风吃醋，一直善待后宫妃嫔，有嫔妃忤逆上意，马皇后也在从中调和。她常常读写古训来教导嫔妃宫女，后宫之人无一不对皇后赞叹有加。
马皇后为人宽厚，她不止善待嫔妃，对宫女也百般仁慈，朱元章曾责备一个犯错的宫女，马皇后也假装生气，让人把宫女送到宫正司定罪，对朱元章说，生气时难免会有偏颇，做帝王的应不因喜怒而随意赏罚。
朱元章脾气火爆、多忌讳好猜疑，登基后更是不加收敛，只有马皇后才能规劝一二。故而朱元章一发怒，群臣就会想到马皇后，马皇后也常常依据事理委婉地劝阻。
在胡惟庸桉件中，很多人都被无辜牵连，宋廉就是其中一位，太子为其求情都丝毫没有效果。正好到了晚膳时间，马皇后准备了一桌素食，声称为宋先生做福事，朱元章闻言放下快子就走了。
不过第二天朱元章还是赦免了宋廉的死罪，足以见的马皇后在朱元章心中的分量，同时也彰显了马皇后的聪明才智。
马皇后不仅为人大度，还善解人意。有一次李希颜稍加惩治一个顽皮的皇子，用笔管打他的脑门，打得次数多了便留下了痕迹，朱元章偶然看见了皇子头上的痕迹，勃然大怒。
这时马皇后在旁边劝说道“乌有以圣人之道训吾子，顾怒之耶！”朱元章听了马皇后所言，觉得是这个道理，便没有责罚李颜希，还给他升了官。
马皇后非常爱惜人才，当时太学里，学生有生活补贴，但是妻子和儿女却没有生活依仗。马皇后就征集钱粮，设置红仓，专门储粮供养太学生的妻子儿女，这个善举令人称赞不已。
即使是在死之前，马皇后知道如果自己死了，朱元章一定会拿太医开刀，所以在马皇后要死的时候，马皇后坚持不肯让太医诊治，让朱元章在她死后不要惩罚太医。
弥留之际更是不忘劝谏朱元章“愿陛下求贤纳谏，慎终如始，子孙皆贤，臣民得所而已。”
洪武二十四年秋九月二十一日，马皇后薨。
此消息一出，朱元章哭得像个孩子，虽然他是堂堂大明帝国的开国皇帝，但此时此刻却很少有人能体会他的悲痛。而面对马皇后的去世，大臣们的反应则更加激烈，朝会时群臣失声痛哭，甚至哭得比朱元章还要悲伤。
为何大臣们的反应如此强烈？甚至比痛失爱妻的朱元章还要悲伤？这中间自然是有原因的。尤其是对于明朝的开国大臣们来说，如果让他们选一个一生中最感激、最钦佩的人，那个人肯定不会是朱元章。有明一朝，若论最受群臣拥戴之人，非马皇后莫属。
那么，明朝为何会出现这种奇怪的情况呢？这还要从朱元章的出身和马皇后的为人说起。
朱元章的出身想必大家都知道，他从小当过放牛娃，后来为了活命又去当了和尚。再后来时局混乱寺庙也待不下去，他只好出门云游四方，靠着乞讨走遍了大江南北。总的来说，朱元章的人生起点已经是低得不能再低了，他才是真正意义上的布衣皇帝，开局只有一只破碗，刘邦的亭长身份跟他相比的话，简直是一个天上一个地下。
朱元章从小吃了太多的苦，见惯了太多的世间炎凉，这也造就了他坚韧不拔的性格和冷若铁石的心肠。朱元章能够夺取天下，与他的这种性格可以说是有着相当大的关系，倘若不是他这种坚不可摧的性格，恐怕早就淹没在元末的硝烟中了。同时，这种冷酷而又多疑的性格，也让跟随他的人叫苦不迭，深刻体会到了什么叫伴君如伴虎。
朱元章从最底层摸爬滚打，一直做到了明朝的开国皇帝，为人自然是多疑阴狠，倘若不是这种性格，恐怕他也无法走到这一步。然而，对于那些跟随他打江山的人来说，朱元章的这种性格却成了他们的催命符，稍有不慎就有可能被抄家灭族。而在朱元章的身边，唯一能够劝阻他的人，也就只有马皇后了。
朱元章敬重马皇后，这一点与历史上大多数皇帝和皇后之间的关系有很大不同。古代皇帝的婚姻，大多数都是政治联姻，能够始终爱一人的皇帝更是稀少。例如汉武帝，他曾经那么宠爱卫子夫，可后来还不是移情别恋？而朱元章却始终对马皇后相敬如宾，因为马皇后是他冷酷性格中的最后一丝柔软。
那么，马皇后又是怎样的一个人呢？说起来，这个马皇后恐怕是古代最好的皇后了，从各方面来说，几乎都算得上是个完美之人。朱元章能够成就大业，也是离不开马皇后的默默支持，如果不是有马皇后帮他缓和关系，朱元章能够走到哪一步还真说不一定。
马皇后的性格非常仁慈，而且十分的聪慧，宫里的嫔妃、仆从都对她敬服有加。朱元章的性格非常火爆，每当有宫人或者嫔妃惹朱元章生气，都要去找马皇后求救。因为只有马皇后才能平息朱元章心中的愤怒。
当然，马皇后也并非是那种烂好人，她常常劝说朱元章，倘若宫人犯了错，能绕过的就绕过，实在是犯了大错，也应该交由“宫正司”依大明律审理，而不是由着皇帝喜怒任意惩罚。也正是因为马皇后有这种公正无私的性格，才使得朝中上下都对她敬服有加。
马皇后去世，朱元章自然伤心，哭的也是真情流露。可对于大臣们来说，他们更伤心，因为唯一一个能劝阻朱元章的人也没了。没有了马皇后的劝阻，朱元章会变成什么样？这些大臣都跟随朱元章十几年的时间了，自然会对未来感到担忧。事实上，这些大臣之所以悲伤难耐，除了是对马皇后的去世感到伤感之外，还有就是对自己前途的担忧。
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马皇后薨的第三天，登州的朱榔接到了应天府的消息，看着一身白孝的送信者，朱榔就知道不好，一个没有站稳，差一点摔倒在地。
好在身边有朱允焕和朱允煊扶着。
与此同时可不仅仅只有朱榔悲痛，倭岛的朱樉和朱棣，马尼拉的朱棡和朱榑，老八朱梓、老九朱杞、老十朱檀...收到消息后，大家都是做了一个同样的事情，就立即回去奔丧。
没有一个人敢懈怠，所有人都是悲痛欲绝。
其中当朱标得知自己的母亲薨了之后，直接口吐鲜血，现在在东宫卧床不起，朱榔等皇子花了五天时间的赶到了应天，看到马皇后的遗体之后，所有的皇子都哭成了泪人，而当老朱看到自己孩子们的悲痛欲绝的哭声，也是嚎啕大哭了起来。
随后老朱就又晕了过去，不过，晕的时候，老朱吩咐，因为太子身体和自己的身体都欠安，所以皇后的一切事宜，都交给儿子秦王朱榔来办。