毕竟，这次的确是他们失职了，团藏给了他们更多的自主权限，“根”组织在团藏退居幕后之后，就开始按照几个不同部门首领，按照各自的想法去发展。
以志村一为首的人才基地，在世界各地收养适龄的孤儿，然后对这些孤儿进行培训和筛选，供给给其他部门。
以自来也为首的白胡子海盗船，专门活动于水之国海域。水之国闭关锁国，这正是白胡子海盗船的绝佳生存环境。白胡子海盗船与水之国的很多大家族都按照来往，占据海域，封锁海域，同时利用水之国大家族赚取超出海运货物成本五倍以上的差价，为“根”谋取了不菲的资金。
同时，白胡子海盗船也是一个试炼基地，大量优秀的“根”成员都会到白胡子海盗船上历练一段时间，因为这里是“根”战斗最激烈的地方。
以大助为首的科学部，一方面在“根”内部宣传科学忍术，普及科学知识。另一方面，进行着各种科技研究，利用科技创造财富，各种伪科技产品不断被发明出来。
以大蛇丸为首的黑科技实验室，人数极少，但致力于黑科技的研究，团藏将所有危险且见不得光的实验项目都交给了大蛇丸，大蛇丸的科研也直接向团藏负责，不受其他人管理。
以麻花·腾为首的商业部，联合各国商人，将商业范围扩张到了几乎整个忍界，为“根”赚取活动资金的同时，也在不断收集各种报。
以御屋城炎为首的外交部，通过各种手段混入了“大名圈子”，成为了各国大名的座上宾，这也是团藏被五大忍村共同通缉，“根”却不受波及，依然可以安心潜伏于各国的原因。
有大名护着，“根”甚至可以光明正大在各国建立明面上的“基地”。
此外，还有潜伏于木叶的一批人员，在团藏下达新命令之前会一直潜伏。
生产制造部则在不停生产一些“根”特有的物品或者货物，供给给各个部门。
负责建造地下基地的伊布利一族，现在的负责人就是当年的那个小正太，叫“伊布利诚”。
除了以上九个部门外，伽椰子则代表志村团藏，管理全局。
团藏甚至有想将“根”改名“九头蛇”的打算，结果遭到八成以上的高层反对。
毕竟，几乎所有高层，都和“根”有着很深的渊源。
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一座岛屿上，一个巨大的地下溶洞内。
外道魔像盘腿坐在一块巨石旁，长门则坐在外道魔像的头顶。
左手的大拇指上，站立着天道佩恩，食指上的则是小南。
在右手的掌心之中，则站立这一个面具男。
在场，只有这三人一傀儡。
“你们找我来这边，是有什么事吗？”面具男是被长门和小南通知以后，才过来的。
长门：“月之眼计划……”
“哈哈，你们同意我的月之眼计划了吗？太好了，这样就会让世界不再爆发战争了。”一直以来，长门和小南都拒绝面具男的月之眼计划，甚至连提都不许面具男多提。
没想到，和“根”接触吃了点亏以后，养伤半年就开始松口了。
面具男甚至开始庆幸自己撩拨长门去试探“根”了。
长门：“月之眼计划，不是你的计划吧？是谁告诉你的？”
面具男：“……”
小南：“你的名字，不是宇智波斑，而是宇智波带土，对吗？”
面具男：“……”
长门：“不用保持沉默，黑绝并不知道我们的这次会面。至于你上的白绝，你应该有办法应对吧。”
面具男：“……”
几人都开始沉迷，似乎都在思考该如何解决面前的尴尬局面。